La sezione di Medicina è molto ricca di materiale;vi si conservano strumenti vari, preparati anatomici e cimeli relativi soprattutto alla seconda metà del Settecento, all' Ottocento e al Novecento.
Essa è articolata in tre sale,intitolate a tre grandi maestri della medicina: l'anatomista Antonio Scarpa, il patologo chirurgo Luigi Porta, l'istologo e patologo Camillo Golgi.
Il materiale anatomico,tutto originale, costituisce la grande preponderanza;esso è costituito da preparati, in parte a secco e in parte conservati in alcool o in formaldeide, riguardanti vari settori, realizzati allo scopo di illustrare particolari interventi chirurgici o la risposta a situazioni sperimentali, oppure di dimostrare distretti anatomici di peculiare interesse.
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